Pada tahun 1990-an, manusia abadi misterius yang dikenal sebagai “Ajin” pertama kali muncul 17 tahun lalu di Afrika. Setelah penemuan mereka, mereka dicap sebagai ancaman bagi umat manusia, karena mereka mungkin menggunakan kekuatan mereka untuk kejahatan dan tidak dapat dihancurkan. Sejak saat itu, setiap kali seorang Ajin ditemukan dalam masyarakat, mereka harus segera ditangkap dan ditahan.
Kei Nagai, seorang siswa SMA yang giat belajar untuk menjadi dokter, tahu sangat sedikit tentang Ajin, hanya sesekali melihat mereka muncul di berita. Para siswa diajari bahwa makhluk-makhluk ini tidak dianggap manusia, tetapi Kei tidak terlalu memperhatikan di kelas. Akibatnya, pemahamannya yang sangat minim tentang subjek ini terbukti sama sekali tidak relevan ketika ia selamat dari kecelakaan yang seharusnya merenggut nyawanya, menandai kelahirannya kembali sebagai Ajin dan awal hari-hari penderitaannya.
Namun, saat ia mendapati dirinya sendirian melarikan diri dari seluruh dunia, Kei segera menyadari bahwa lebih banyak spesiesnya mungkin jauh lebih dekat daripada yang ia kira.
