Penemuan hypergate di Bulan pernah memungkinkan umat manusia untuk berteleportasi ke Mars. Mereka yang memilih menetap di sana menemukan teknologi jauh lebih canggih dari planet asal mereka, yang mereka namakan “Aldnoah.” Penemuan ini berujung pada pendirian Kekaisaran Vers Mars dan deklarasi perang melawan “Terran,” yaitu mereka yang tetap tinggal di Bumi. Namun, pertempuran di bulan—yang kemudian disebut “Heaven’s Fall”—menyebabkan hypergate meledak, menghancurkan bulan dan membuat kedua planet menjalin gencatan senjata yang tidak stabil.
Namun, perdamaian mereka sangat rapuh. Lima belas tahun kemudian, siswa SMA Inaho Kaizuka menyaksikan plot pembunuhan Putri Asseylum Vers Allusia dari Kekaisaran Vers, yang datang ke Bumi dengan harapan memperbaiki hubungan antara kekaisaran dan tanah airnya. Gencatan senjata hancur, dan pihak Mars sekali lagi menyatakan perang terhadap Terran. Dalam menghadapi musuh yang tak teratasi ini, Inaho dan teman-temannya kini harus berjuang melawan Kekaisaran Vers untuk mengakhiri perang ini sekali dan untuk selamanya.
