Tersembunyi di pegunungan dekat sekolah elit Kunugigaoka Middle School terdapat sebuah bangunan kecil terbengkalai yang menampung para berandalan dan siswa putus sekolah dari Kelas 3-E. Dipandang rendah oleh teman-teman sebaya mereka, para siswa di kelas ini tampaknya memiliki sedikit harapan dalam memajukan karir akademis mereka. Itu semua berubah, sampai pemerintah nasional menugaskan mereka untuk melenyapkan ancaman terbesar bagi planet mereka: guru baru mereka.
Telah menghancurkan bulan, profesor mirip gurita—dijuluki “Koro-sensei”—kini mengancam akan menghancurkan Bumi pada bulan Maret tahun berikutnya. Mengingat misi mereka, para siswa menemukan bahwa membunuhnya lebih mudah diucapkan daripada dilakukan. Koro-sensei tidak hanya bisa bergerak dengan kecepatan hingga Mach 20, tetapi ia juga bisa menahan hampir setiap senjata di Bumi. Ironisnya, ia juga terbukti menjadi salah satu guru terbaik yang pernah dimiliki Kelas 3-E. Melatih kelas untuk unggul dalam pelajaran sebagai siswa dan keterampilan sebagai pembunuh, Koro-sensei yakin bahwa kecerdikan dan kemauan tak tergoyahkan murid-muridnya bisa mengembalikan mereka ke kampus utama.
Melalui trial and error, Nagisa Shiota, serta siswa Kelas 3-E lainnya, harus mencari tahu kelemahan Koro-sensei—dan cepat, karena nasib dunia sangat bergantung padanya.
