Kembali dari liburan musim panas, para siswa Kelas 3-E di Kunugigaoka Middle School yang bergengsi mendapati diri mereka menghadapi rintangan yang tak terduga. Dihadapkan pada kemungkinan kehancuran dunia, para siswa harus menemukan cara yang semakin rumit dan kreatif untuk membunuh guru mereka, Koro-sensei yang licik namun optimis dan suka membantu.
Namun, melenyapkan Koro-sensei bukanlah satu-satunya tujuan yang harus dikhawatirkan oleh para siswa. Gakuhou Asano, kepala sekolah akademi yang kejam dan tak kenal ampun, berusaha mencegah keberhasilan Kelas 3-E dengan mencuci otak murid-muridnya yang lain yang rajin belajar menjadi mesin belajar yang sangat kompetitif. Permusuhan mulai terasa di udara saat para pengkhianat dan pembunuh berusaha mengklaim hadiah di kepala Koro-sensei untuk diri mereka sendiri.
Nagisa Shiota, salah satu pembunuh paling terampil di Kelas 3-E, mendapati dirinya berada di tengah konflik. Sementara ia berupaya mempertahankan prestasi akademisnya dan mencegah akhir dunia, masalah domestik membahayakan posisinya di Kelas 3-E. Bersama teman-teman sekelasnya yang berdedikasi, ia kini harus menghadapi ancaman-ancaman itu secara langsung.
