Akibat kenaikan permukaan air laut yang dramatis, umat manusia kehilangan sebagian besar lahan layak huni, memaksa mereka bergantung pada teknologi yang sudah ada untuk bertahan hidup. Di antara banyak orang yang terkena dampak tragedi ini, Natsuki Ikaruga, seorang lulusan brilian yang kehilangan kaki dalam kecelakaan kapal selam, kini harus menjalani hidup sengsara di pulau yang nyaris tak berpenghuni.
Setelah Natsuki bertemu seorang wanita misterius bernama Catherine, ia menemukan robot humanoid canggih yang dulunya milik neneknya, Nonko, seorang klimatolog terkenal. Atri, robot yang diselamatkan dengan penampilan dan tingkah laku seorang gadis muda, mengungkapkan kepada Natsuki bahwa Nonko telah memberinya misi penting, tetapi ia lupa apa misinya itu.
Meskipun Natsuki awalnya berencana menjual Atri, kesempatan untuk terhubung dengan penelitian neneknya melalui Atri membuatnya mempertimbangkan kembali keputusannya. Natsuki pernah harus mengorbankan mimpinya untuk ikut serta dalam misi ilmiah bergengsi. Namun, saat ia mulai terbuka kepada sesama penghuni pulau, ia menemukan bahwa ia masih bisa membuat perbedaan di dunia yang sepi ini.
