Ketika “Sirens,” kekuatan asing dengan persenjataan yang jauh melampaui batas teknologi saat ini, tiba-tiba muncul, umat manusia yang terpecah belah berdiri dalam solidaritas penuh untuk pertama kalinya. Empat negara—Eagle Union, Royal Navy, Sakura Empire, dan Iron Blood—membentuk Azur Lane, membuka jalan bagi peningkatan peperangan modern, yang mengarah pada kemenangan awal melawan ancaman bersama. Namun, persatuan yang rapuh ini terancam oleh cita-cita yang berlawanan, memecah aliansi menjadi dua. Sakura Empire dan Iron Blood memisahkan diri dan membentuk Red Axis, dan umat manusia terfragmentasi sekali lagi.
Sebagai petarung yang tangguh dan berpengalaman, “Grey Ghost” Enterprise memikul harapan Azur Lane untuk mengakhiri perang. Namun di balik persona tabahnya tersembunyi seorang gadis rapuh, yang takut pada lautan. Meskipun demikian, ia terus berjuang karena ia percaya bahwa itulah satu-satunya tujuan keberadaannya. Sementara itu, Javelin, Laffey, dan Unicorn—tiga kapal dari pihak Azur Lane—secara tidak sengaja bertemu Ayanami, seorang mata-mata dari Red Axis. Anehnya, mereka mencoba berteman dengannya, tetapi sebagai musuh, usaha mereka sia-sia. Tetap saja, mereka gigih dengan harapan suatu hari akan berhasil.
Di tengah konflik tak berkesudahan di antara umat manusia, kunci yang bisa menyatukan ras yang terfragmentasi mungkin ada: seorang prajurit yang berdamai dengan kepribadian misteriusnya dan persahabatan di antara mereka yang memiliki cita-cita berbeda.
