Setelah meraih kemenangan dari turnamen bawah tanah yang brutal, Baki Hanma terus melanjutkan tujuannya untuk mengalahkan ayahnya, Yuujirou, pria terkuat di dunia. Namun, ia tak punya waktu untuk beristirahat ketika penyelenggara turnamen, Tokugawa Mitsunari, mengunjunginya di sekolah.
Tokugawa mengungkapkan kepada Baki bahwa lima narapidana mati yang sangat berbahaya dari seluruh dunia—yang semuanya ahli dalam seni bela diri—secara bersamaan berhasil melarikan diri dari kurungan dan menuju Tokyo. Masing-masing dari mereka memiliki keinginan untuk merasakan kekalahan. Tokugawa memperingatkan bahwa, karena kekuatannya yang terkenal, Baki pasti akan bertemu mereka cepat atau lambat, dan ia bukan satu-satunya target mereka.
Mengadaptasi saga pertama dari seri manga kedua, Baki berpusat pada perang habis-habisan antara seniman bela diri terkemuka Jepang dan mereka dari dunia bawah tanah yang gelap.
