Memasuki serialisasi ketiga mereka, duo mangaka Moritaka Mashiro dan Akito Takagi—atau yang dikenal dengan nama pena mereka, Muto Ashirogi—semakin dekat dengan impian adaptasi anime. Namun, tantangan sesungguhnya baru saja dimulai: jika mereka tidak mampu bersaing dengan mangaka Eiji Niizuma dalam peringkat dalam waktu enam bulan, serialisasi mereka akan dibatalkan. Ditambah lagi, banyak rival lain yang membayangi dan menyatakan perang. Mereka bahkan tidak punya cukup waktu untuk memikirkan soal anime!
Dalam Bakuman. 3rd Season, Muto Ashirogi harus menemukan cara untuk tetap berada di puncak gunung kolosal yang dikenal sebagai peringkat Shounen Jack. Dengan masalah baru dan asisten baru, duo ini terus berjuang demi impian mereka.
