Pada hari pertama SMP, Mato Kuroi secara kebetulan bertemu Yomi Takanashi, seorang gadis pemalu dan tertutup yang langsung menarik perhatiannya. Mato berusaha keras untuk mengajak Yomi berbicara, ingin berteman dengannya. Awalnya, Yomi menghindarinya, tetapi suasana mencair ketika Yomi kebetulan melihat sebuah burung biru dekoratif yang menempel di ponsel Mato, yang berasal dari buku “Li’l Birds At Play.” Menemukan bahwa mereka memiliki minat yang sama, keduanya menjalin persahaban yang kuat.
Di alam semesta alternatif, gadis-gadis muda itu ada sebagai makhluk paralel, Mato sebagai Black★Rock Shooter, dan Yomi sebagai Dead Master. Entah bagaimana, apa yang terjadi di satu dunia tampaknya memiliki efek pada yang lain, dan tanpa menyadari fakta ini, kedua gadis itu tanpa sengaja terjerat oleh benang-benang takdir.
