Kivotos adalah megalopolis federal yang terdiri dari ribuan sekolah dan dipimpin oleh Dewan Siswa Umum (GSC), yang bertindak sebagai badan pemerintahannya. Ironisnya, meskipun merupakan kota akademi, Kivotos penuh dengan kekerasan senjata, dan semua siswa memegang senjata api sebagai bagian dari kehidupan sehari-hari mereka.
Seolah krisis di Kivotos belum cukup, presiden GSC tidak dapat ditemukan. Untungnya, sebelum menghilang tiba-tiba, presiden GSC meminta bantuan Sensei—seorang guru yang kemungkinan besar satu-satunya di Kivotos—untuk mendukung siswa di saat mereka membutuhkan. Tindakan pertama Sensei adalah membantu SMA Abydos, sebuah akademi yang dulunya bergengsi kini hanya memiliki lima siswa. Siswa-siswa yang tersisa ini melakukan segalanya untuk membayar utang akademi mereka yang melumpuhkan, hampir satu miliar yen.
