Ketika tragedi akan melanda, Satoru Fujinuma mendapati dirinya terlempar kembali beberapa menit sebelum kecelakaan terjadi. Seniman manga berusia 29 tahun yang acuh tak acuh ini telah memanfaatkan fenomena kuat namun misterius ini, yang ia sebut “Revival,” untuk menyelamatkan banyak nyawa.
Namun, ketika ia dituduh secara keliru membunuh seseorang yang dekat dengannya, Satoru terlempar kembali ke masa lalu sekali lagi, tetapi kali ini ke tahun 1988, 18 tahun yang lalu. Segera, ia menyadari bahwa pembunuhan itu mungkin terkait dengan penculikan dan pembunuhan salah satu teman sekelasnya, Kayo Hinazuki yang penyendiri dan misterius, yang terjadi ketika ia masih kecil. Inilah kesempatannya untuk memperbaiki keadaan.
Boku dake ga Inai Machi (juga dikenal sebagai ERASED) mengikuti Satoru dalam misinya untuk mengungkap apa yang sebenarnya terjadi 18 tahun yang lalu dan mencegah kematian teman sekelasnya sambil melindungi orang-orang yang ia sayangi di masa kini.