Tomoya Okazaki adalah seorang berandal yang merasa hidup itu membosankan dan percaya bahwa ia tidak akan pernah mencapai apa pun. Bersama temannya, Youhei Sunohara, ia sering membolos dan berencana menghabiskan masa SMA-nya dengan sia-sia.
Suatu hari, saat berjalan ke sekolah, Tomoya berpapasan dengan seorang gadis muda yang bergumam pelan pada dirinya sendiri. Tanpa peringatan, gadis itu berteriak “Anpan!” (makanan Jepang populer) yang menarik perhatian Tomoya. Ia segera mengetahui nama gadis itu adalah Nagisa Furukawa dan bahwa ia berseru hal-hal yang ia sukai untuk memotivasi dirinya sendiri. Nagisa mengklaim bahwa mereka kini berteman, tetapi Tomoya pergi begitu saja menganggap pertemuan itu tidak berarti.
Namun, Tomoya mendapati ia semakin sering memperhatikan Nagisa di sekolah. Akhirnya ia mengalah dan berteman dengannya. Tomoya mengetahui bahwa Nagisa telah tinggal kelas setahun karena penyakit parah dan bahwa mimpinya adalah menghidupkan kembali klub drama sekolah. Mengklaim ia tidak punya hal yang lebih baik untuk dilakukan, ia memutuskan untuk membantunya mencapai tujuan ini bersama dengan bantuan empat gadis lainnya.
Seiring Tomoya menghabiskan lebih banyak waktu dengan para gadis, ia belajar lebih banyak tentang mereka dan masalah mereka. Saat ia berusaha membantu setiap gadis mengatasi rintangan masing-masing, ia mulai menyadari bahwa hidup tidak semembosankan yang ia kira.
