Ketika “youma”—iblis pengubah wujud dengan nafsu akan daging manusia—tiba di desa Raki, seorang wanita kesepian bermata perak masuk ke kota, hanya berbekal sebilah pedang di punggungnya. Ia adalah seorang “Claymore,” makhluk yang diciptakan setengah manusia dan setengah youma, dengan tujuan khusus untuk membasmi monster-monster ini. Setelah keluarga Raki dibunuh, Claymore ini menyelamatkan hidupnya, tetapi ia kemudian diusir dari rumahnya. Tak punya tujuan lain, Raki menemukan Claymore yang dikenal sebagai Clare, dan memutuskan untuk mengikutinya dalam perjalanannya.
Saat pasangan ini melakukan perjalanan dari kota ke kota, mengalahkan youma di sepanjang jalan, semakin banyak hal terungkap tentang organisasi Clare dan rekan-rekan prajuritnya. Dengan setiap kota yang dibersihkan dan setiap iblis yang dihancurkan, mereka semakin dekat dengan youma yang telah menjadi target balas dendam Clare sejak ia memilih untuk menjadi seorang Claymore.
