Satu tahun berlalu sejak Pemberontakan Hitam, pemberontakan yang gagal melawan Kekaisaran Suci Britannia yang dipimpin oleh vigilante bertopeng Zero, yang kini menghilang. Tanpa pemimpin revolusioner mereka, kelompok perlawanan Area 11—Ksatria Hitam—merasa terlalu lemah untuk melawan kekejaman yang menimpa para Elevens oleh Britannia. Kekejaman ini meningkat drastis untuk menghancurkan harapan akan pemberontakan di masa depan.
Lelouch Lamperouge, yang kehilangan semua ingatan tentang kehidupan gandanya, hidup damai bersama teman-temannya sebagai siswa SMA di Ashford Academy. Mantan rekannya, C.C., tidak dapat menerima keadaan ini. Ia mengambil inisiatif untuk mengingatkannya akan tujuan masa lalunya, berharap dalang Zero akan bangkit kembali untuk menyelesaikan apa yang telah ia mulai, dalam kesimpulan mendebarkan dari seri ini.
