Kelas 77-B yang tidak konvensional di Hope’s Peak Academy akan memiliki tambahan yang lebih eksentrik: Chisa Yukizome, seorang alumni dengan gelar Pembantu Rumah Tangga Tingkat Super SMA—dan guru wali kelas baru mereka. Ceria, penuh semangat, dan cakap, Chisa segera mulai mengoreksi perilaku bermasalah siswa dan memperkuat hubungan mereka. Mungkin tidak mudah berurusan dengan beragam siswa mulai dari putri dan perawat hingga yakuza dan siswa yang sangat beruntung, tetapi segalanya mungkin dengan kekuatan harapan.
Sementara itu, Hajime Hinata, seorang anak laki-laki biasa dari Kursus Cadangan sekolah, sangat mendambakan sebuah bakat. Suatu hari, ia secara tak terduga bertemu dengan Gamer Tingkat Super SMA dari kelas 77-B, Chiaki Nanami, yang memberinya pandangan hidup baru yang penuh harapan. Namun, tanpa sepengetahuannya, petinggi sekolah akan melaksanakan proyek jahat yang berpusat pada Hajime yang akan menjatuhkan Hope’s Peak—dan seluruh dunia—ke dalam kehancuran.
Zetsubou-hen mengisahkan kehidupan sehari-hari yang berlangsung di akademi penumbuh bakat ini, dan kegelapan yang mengintai di baliknya. Ketika keputusasaan perlahan menginfeksi harapan, rencana mulai dilaksanakan untuk memulai Peristiwa Terbesar, Paling Mengerikan, Paling Tragis dalam Sejarah Manusia, dan akhir pun dimulai.