Makoto Naegi, seorang remaja tanpa bakat istimewa, terkejut saat mengetahui dirinya diterima di Hope’s Peak Private Academy. Sekolah elite ini mengumpulkan siswa-siswa terbaik dari berbagai bidang. Meskipun merasa penerimaannya hanya kebetulan, Naegi sangat gembira bisa bersekolah di institusi yang dikenal menjamin kesuksesan bagi lulusannya. Dengan tekad, ia melangkah masuk ke pintu depan akademi bergengsi itu.
Namun, setelah kehilangan kesadaran di dalam, Naegi terbangun di sebuah ruang kelas yang tampak terbengkalai. Gagal memahami bagaimana ia sampai di sana, Naegi mulai menjelajahi dan terkejut menemukan teman-teman sekelasnya berkumpul di gimnasium. Saat semua orang mencoba mencari tahu apa yang terjadi, mereka dihadapkan oleh kepala sekolah—Monokuma, boneka beruang robot. Mainan misterius itu menjelaskan bahwa para siswa baru terjebak di dalam sekolah dengan hanya satu cara untuk melarikan diri: membunuh teman sekelas tanpa ketahuan.
Ketegangan memenuhi udara saat Naegi dan teman-teman sekelasnya menyadari bahwa mereka dihadapkan pada dua pilihan: berpartisipasi dalam permainan pembunuhan Monokuma, atau tinggal bersama di sekolah selama sisa hidup mereka.
