Di kota metropolitan Orario, aktivitas tetap berjalan seperti biasa. Ribuan petualang berkumpul untuk menjelajahi “Dungeon” yang dipenuhi monster. Di antara mereka adalah Bell Cranel, seorang pemuda yang mudah gugup namun pemberani, satu-satunya anggota Hestia Familia. Dengan bantuan pendukung demi-human-nya, Liliruca Arde, dan pandai besi yang cakap, Welf Crozzo, Bell telah mendapatkan julukan Little Rookie karena menjadi petualang dengan pertumbuhan tercepat di Orario berkat usahanya di tingkat Dungeon yang lebih dalam.
Dungeon ni Deai wo Motomeru no wa Machigatteiru Darou ka II melanjutkan petualangan Bell saat ia berusaha membawa kemuliaan bagi dewinya dan melindungi orang-orang yang ia sayangi. Namun, berbagai familia dan dewa di seluruh kota mulai memperhatikan pencapaiannya dan berusaha merekrutnya ke dalam barisan mereka.
