Setelah lima tahun memendam perasaan yang tak terucapkan, siswa SMA Taiju Ooki akhirnya siap menyatakan cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun, tepat saat Taiju memulai pengakuannya, cahaya hijau menyilaukan menghantam Bumi dan membatu seluruh umat manusia di seluruh dunia—mengubah setiap manusia menjadi batu.
Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun dan menemukan dunia modern telah lenyap sepenuhnya, karena alam telah berkembang subur selama bertahun-tahun umat manusia membeku. Di antara dunia batu patung-patung, Taiju bertemu dengan satu-satunya manusia hidup lainnya: temannya yang mencintai sains, Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju mengetahui bahwa Senkuu telah mengembangkan rencana besar—untuk meluncurkan kebangkitan peradaban secara total dengan sains.
Kekuatan fisik Taiju dan otak Senkuu bersatu membentuk kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali orang-orang yang membatu. Namun, rencana utama Senkuu terancam ketika ideologinya ditentang oleh mereka yang juga terbangun. Sementara itu, alasan pembatuan umat manusia tetap tidak diketahui.
