Kini telah memiliki Edens Zero, Shiki Granbell telah mengumpulkan Empat Bintang Bersinar. Dengan bantuan teman-teman barunya, Shiki akan dapat menembus Dragonfall—perbatasan Sakura Cosmos yang dipenuhi naga mekanik. Setelah itu tercapai, ia dapat melanjutkan pencariannya untuk menemukan dewi Mother.
Sebelum kru Edens Zero dapat melanjutkan perjalanan mereka, mereka melihat kapal perang misterius mengikuti mereka. Setelah mengetahui bahwa kapal itu—Belial Gore—milik Drakken Joe, Shiki dan krunya mencoba menyusupinya, berniat mencari tahu mengapa Alkemis Kegelapan itu mengejar mereka. Dalam prosesnya, Edens Zero disandera oleh bawahan Drakken.
Meskipun berada dalam situasi sulit, Shiki menolak untuk menyerah. Bekerja sama dengan teman-temannya, Shiki harus mengalahkan Alkemis Kegelapan jika ia berharap bisa keluar dari Belial Gore hidup-hidup.
