Saat Perang Holy Grail Keempat terus berkecamuk tanpa tanda-tanda pemenang, para Servant dan Master yang tersisa dipanggil oleh pengawas Gereja, Risei Kotomine, untuk bersatu menghadapi ancaman besar yang bisa menghancurkan seluruh perang dan membawa kehancuran ke Kota Fuyuki. Namun, gencatan senjata ini segera runtuh, karena masing-masing Master rela melakukan apa pun—bahkan tindakan paling keji sekalipun—demi meraih kemenangan.
Pertentangan ideologi mulai memecah hubungan antara Kiritsugu Emiya dan Servant-nya, Saber, tentang arti sebenarnya dari kepahlawanan dan kehormatan. Di sisi lain, ikatan yang mengerikan terbentuk antara Kirei Kotomine, yang masih mencari makna hidupnya, dengan salah satu Servant tersisa.
Ketika hitung mundur menuju akhir perang semakin mendekat, batas antara kemenangan dan kekalahan pun mulai kabur. Harga dari keinginan untuk menang mungkin terlalu mahal untuk dibayar.
