Kisah Fortune Arterial berpusat pada seorang protagonis laki-laki bernama Kohei Hasekura. Ia pindah ke sekolah umum bergengsi yang bergaya sekolah enam tahun di Inggris, mencakup siswa SMP dan SMA.
Sekolah ini terletak di Pulau Tamatsu, sebuah pulau di lepas pantai Jepang daratan, dan satu-satunya cara untuk sampai ke sana adalah dengan perahu. Tak lama setelah pindah, Kohei menemukan bahwa salah satu siswi di kelas sebelah, Sendo Erika, sebenarnya adalah seorang vampir.
