Setelah eksperimen alkimia mengerikan gagal di rumah Elric, kakak beradik Edward dan Alphonse menghadapi realitas baru yang mengerikan. Mengabaikan prinsip alkimia yang melarang transmutasi manusia, mereka mencoba menghidupkan kembali ibu mereka yang baru saja meninggal. Namun, mereka justru mengalami kerugian besar: tubuh Alphonse hancur, sementara Edward kehilangan kaki dan mengorbankan lengan untuk mengikat jiwa Alphonse ke baju zirah besar.
Kakak beradik ini diselamatkan oleh tetangga mereka, Pinako Rockbell, dan cucunya, Winry. Dikenal sebagai jenius teknik bio-mekanis, Winry membuat anggota tubuh prostetik untuk Edward menggunakan “automail,” logam tangguh yang digunakan dalam robot dan zirah tempur. Setelah bertahun-tahun berlatih, kakak beradik Elric memulai perjalanan untuk memulihkan tubuh mereka dengan mencari Batu Bertuah—permata kuat yang memungkinkan alkemis menentang hukum Pertukaran Setara.
Saat Edward menjadi alkemis terkenal dengan julukan “Fullmetal,” perjalanan mereka melibatkan mereka dalam konspirasi yang semakin besar yang mengancam nasib dunia.
