Yuugo Hachiken adalah siswa yang rajin dan pekerja keras, namun ia lelah mencoba memenuhi ekspektasi yang tidak bisa ia penuhi. Dengan dimulainya tahun ajaran baru, ia memutuskan untuk mendaftar di Ooezo Agricultural High School, sebuah sekolah berasrama yang terletak di pedesaan Hokkaido. Keputusan ini diambil sebagai cara untuk melepaskan diri dari tekanan yang diberikan oleh orang tuanya.
Awalnya, Hachiken yakin ia akan berhasil di institusi ini. Namun, ia dengan cepat menyadari kesalahannya saat bertemu dengan teman-teman sekelasnya yang berbakat. Mereka adalah individu yang telah hidup di pertanian sepanjang hidup mereka dan mengetahui hampir segalanya tentang makanan, sayuran, bahkan fisiologi ternak! Baik itu bangun jam lima pagi untuk kerja keras atau merawat hewan ternak, Hachiken benar-benar amatir dalam kehidupan pertanian yang keras.
Gin no Saji mengikuti kisah komedi seorang siswa muda saat ia mencoba menyesuaikan diri dengan lingkungan yang sama sekali baru, bertemu banyak orang unik di sepanjang jalan. Saat ia berjuang untuk menghargai lingkungannya, Hachiken berharap dapat menemukan mimpinya sendiri, sehingga ia dapat menjalani kehidupan yang memuaskan sesuai dengan keinginannya.
