Sepuluh tahun lalu, Ryouta Murakami yang skeptis dan Kuroneko yang ambisius memulai sebuah petualangan ke alam liar. Misi mereka adalah membuktikan keberadaan kehidupan ekstraterestrial. Sayangnya, sebuah kecelakaan tragis terjadi, merenggut nyawa Kuroneko dan membuat Ryouta terluka parah.
Kini, sepuluh tahun telah berlalu sejak bencana itu, dan Ryouta menjalani kehidupan normal di bangku SMA. Ia bersumpah untuk membuktikan bahwa alien itu nyata, demi menghormati mendiang sahabatnya. Suatu hari, seorang siswi pindahan bernama Neko Kuroha tiba-tiba datang. Ia memiliki kemiripan yang mencolok dengan Kuroneko—bahkan namanya pun mirip. Yang paling misterius, ia tampaknya memiliki kekuatan supranatural.
Seiring Ryouta semakin tertarik pada Neko, ia ditarik ke dalam dunia mematikan di mana para ilmuwan berbahaya memburu penyihir-penyihir berkekuatan sihir yang melarikan diri dari laboratorium penelitian rahasia mereka. Neko adalah salah satu dari mereka yang berhasil kabur, tetapi ada banyak lainnya yang berada dalam situasi serupa. Kini, Ryouta-lah yang harus melindungi mereka dari para penculik.
