Rika Furude dan kelompok temannya tinggal di desa pegunungan kecil Hinamizawa. Pada bulan Juni 1983, mereka menyambut siswa pindahan Keiichi Maebara, menjadikannya satu-satunya anak laki-laki di antara mereka. Setelah sekolah, mereka bersenang-senang bermain game dan menjalani setiap hari dengan sepenuhnya. Meskipun rutinitas ini tampak normal, Keiichi mulai menyadari perilaku aneh dari teman-temannya, yang tampaknya menyembunyikan rahasia kelam kota darinya.
Di tempat lain, seseorang mengamati peristiwa yang semakin mengganggu ini dan mengingat semua waktu di mana kisah ini, dan kisah serupa lainnya, telah terjadi. Menggunakan pengetahuan itu, orang ini memutuskan untuk memperbaiki dunia yang rusak ini. Namun, ketika variabel-variabel tertentu berubah, individu tersebut dihadapkan pada kenyataan yang mengerikan: mereka tidak tahu apa yang harus diharapkan atau bagaimana menghentikan tragedi yang akan datang.
