Di tengah era revolusi industri, dunia dihantui oleh kemunculan makhluk mengerikan akibat virus misterius. Makhluk ini disebut Kabane—mayat hidup yang memangsa manusia dengan nafsu tak terpuaskan. Satu-satunya cara untuk membunuh mereka adalah dengan menghancurkan jantung baja mereka. Namun, siapapun yang tergigit akan berubah menjadi Kabane dan kehilangan kemanusiaannya sepenuhnya.
Peradaban manusia yang tersisa hanya bisa bertahan di kota-kota benteng besar, seperti yang ada di pulau Hinomoto, Jepang. Masyarakat hidup di balik tembok raksasa dan hanya bisa bepergian menggunakan kereta lapis baja yang disebut Hayajiro. Para teknisi muda seperti Ikoma bekerja membangun dan merawat kereta ini. Ia menciptakan sebuah senjata khusus yang diyakini mampu menembus jantung baja Kabane.
Ikoma sangat menantikan saat untuk menguji senjatanya dalam pertempuran nyata. Namun, ia tidak pernah menyangka bahwa hari itu akan datang jauh lebih cepat—saat musuh menyerang dan seluruh nasib umat manusia berada di ambang kehancuran.
Kabaneri of the Iron Fortress menyajikan aksi intens, dunia steampunk, dan perjuangan manusia melawan wabah kegelapan yang nyaris tak terkalahkan.