Yukiteru Amano adalah seorang siswa SMP pemalu yang terbiasa mencatat aktivitas sehari-harinya di ponsel—sebuah buku harian digital. Meskipun tidak punya teman di sekolah, Yukiteru sering terlihat berbicara dengan teman khayalannya: Deus Ex Machina, dewa waktu dan ruang, serta pelayan Deus, Mur Mur.
Suatu hari, Yukiteru terbangun dan menemukan bahwa beberapa kejadian di hari itu sudah tertulis di ponselnya. Awalnya ia menganggapnya kebetulan, namun perlahan ia menyadari bahwa insiden yang tertulis di ponselnya benar-benar terjadi di masa depan. Setelah seharian mengambil keuntungan dari aset barunya ini, Yukiteru mengetahui bahwa teman sekelasnya, Yuno Gasai, juga memiliki buku harian serupa.
Ketika keduanya bekerja sama untuk mengalahkan pengejar yang aneh dan kembali ke rumah masing-masing, Deus Ex Machina menjelaskan bahwa mereka—bersama 10 kontestan lainnya—telah ditarik ke dalam permainan bertahan hidup. Pemenangnya akan menjadi penerus dewa. Tanpa pilihan lain, Yukiteru dan Yuno harus menggunakan ponsel mereka—yang kini disebut “Future Diaries”—untuk bertahan dalam battle royale yang kejam ini.
