Dahulu kala, semua manusia hidup di bawah laut. Namun, beberapa orang memilih permukaan dan meninggalkan kehidupan di bawah air secara permanen. Sebagai konsekuensinya, mereka dicabut dari perlindungan pemberian dewa yang disebut “Ena” yang memungkinkan mereka bernapas di bawah air. Seiring waktu, jurang antara penghuni laut dan permukaan melebar, meskipun kontak antara kedua bangsa masih ada.
Nagi no Asu kara mengikuti kisah Hikari Sakishima dan Manaka Mukaido, bersama dengan teman masa kecil mereka Chisaki Hiradaira dan Kaname Isaki, yang dipaksa meninggalkan laut dan bersekolah di permukaan. Di sana, kelompok ini juga bertemu Tsumugu Kihara, seorang sesama siswa dan nelayan yang mencintai laut.
Kehidupan Hikari dan teman-temannya pasti akan berubah karena mereka harus menghadapi kebencian dan diskriminasi yang mengakar antara orang-orang laut dan permukaan, badai dalam kehidupan pribadi mereka, serta badai yang akan datang yang mungkin berarti malapetaka bagi semua yang tinggal di permukaan.
