Dengan munculnya virus misterius yang membunuh semua orang di atas usia 13 tahun, umat manusia diperbudak oleh vampir haus kekuasaan yang sebelumnya tersembunyi. Mereka muncul untuk menaklukkan masyarakat dengan janji melindungi para penyintas, sebagai imbalan atas sumbangan darah mereka.
Di antara para penyintas ini adalah Yuuichirou dan Mikaela Hyakuya, dua anak laki-laki yang ditawan dari sebuah panti asuhan, bersama anak-anak lain yang mereka anggap keluarga. Tidak puas diperlakukan seperti ternak di bawah kekuasaan vampir yang kejam, Mikaela menyusun rencana pelarian yang pada akhirnya gagal total. Satu-satunya yang selamat adalah Yuuichirou, yang ditemukan oleh Moon Demon Company, unit militer yang berdedikasi untuk memusnahkan vampir di Jepang.
Bertahun-tahun kemudian, kini menjadi anggota Angkatan Darat Iblis Kekaisaran Jepang, Yuuichirou bertekad untuk membalas dendam pada makhluk-makhluk yang membantai keluarganya, tetapi dengan harga berapa?
Owari no Seraph adalah anime shounen supernatural pasca-apokaliptik yang mengikuti perjuangan seorang pemuda untuk membalas dendam, sambil berjuang demi persahabatan dan kesetiaan melawan rintangan yang tampaknya mustahil.
