Ribuan tahun lalu, naga kuno Bahamut meneror Mistarcia, dunia tempat dewa dan iblis hidup berdampingan dengan manusia. Untuk mencegah kehancuran dunia, para dewa yang berseteru bekerja sama menyegel Bahamut, membagi kuncinya agar naga itu tetap terkurung selamanya.
Setelah dunia aman dari kehancuran Bahamut, kehidupan berjalan normal bagi para pemburu hadiah seperti Favaro Leone. Menjalani hidup yang santai dan mementingkan diri sendiri, Favaro yang amoral menjalankan pekerjaannya sambil melarikan diri dari sesama pemburu hadiah, Kaisar Lidfard, pria saleh yang bersumpah membalas dendam pada Favaro. Namun, kehidupan Favaro yang riang hancur berantakan ketika ia bertemu Amira, wanita misterius yang memegang separuh kunci kedamaian dunia yang rapuh.
Shingeki no Bahamut: Genesis mengisahkan sekelompok pahlawan tak terduga yang terjebak di tengah bentrokan epik antara dewa dan iblis, dipaksa untuk menentukan jalan mereka sendiri dalam menghadapi badai yang akan datang.
