Ribuan tahun lalu, naga kuno Bahamut menghancurkan daratan Mistarcia, dunia di mana dewa dan iblis hidup berdampingan dengan manusia. Untuk mencegah kehancuran dunia, para dewa yang awalnya berseteru bekerja sama untuk menyegel Bahamut. Mereka sepakat membagi kuncinya agar naga itu tetap terpenjara selamanya.
Setelah dunia aman dari kehancuran Bahamut, kehidupan berjalan seperti biasa bagi para pemburu hadiah seperti Favaro Leone. Menjalani gaya hidup santai dan hanya mementingkan diri sendiri, Favaro yang amoral menjalankan pekerjaannya sambil terus melarikan diri dari sesama pemburu hadiah, Kaisar Lidfard. Kaisar adalah pria lurus yang bersumpah untuk membalas dendam pada Favaro. Namun, kehidupan Favaro yang tanpa beban berubah kacau ketika ia bertemu Amira, seorang wanita misterius yang memegang separuh kunci perdamaian dunia yang rapuh.
Shingeki no Bahamut: Genesis mengisahkan sekelompok pahlawan tak terduga yang mendapati diri mereka terjebak di tengah bentrokan epik antara dewa dan iblis. Mereka dipaksa untuk menentukan jalan mereka sendiri dalam menghadapi badai yang akan datang.
