Pada tahun 2011, sebagian kecil manusia mulai menunjukkan kemampuan psikokinetik yang dikenal sebagai “Cantus.” Lebih dari satu milenium kemudian, di kota kecil Kamisu 66, Saki Watanabe adalah yang terakhir dari teman-temannya yang membangkitkan kekuatannya dan bergabung dengan Sage Academy, sekolah untuk paranormal seperti dirinya. Meskipun semua orang di institusi itu memiliki Cantus, mereka tidak semuanya setara; tak lama setelah Saki mendaftar, salah satu teman sekelasnya yang dianggap lebih lemah dari yang lain tiba-tiba menghilang.
Suatu hari saat berjalan pulang bersama teman-temannya—Maria Akizuki yang gigih, Shun Aonuma yang cerdas, Satoru Asahina yang jeli, dan Mamoru Itou yang pemalu—ia bertemu dua makhluk tak dikenal yang dikenal sebagai “Monster Rats.” Makhluk-makhluk ini menyerupai tikus mondok dan memuja mereka yang memiliki Cantus sebagai dewa. Akibatnya, ketika Saki menggunakan kemampuannya untuk menyelamatkan salah satunya dari masalah, ia disambut dengan rasa terima kasih yang luar biasa.
Kini tidak yakin tentang tempat Monster Rats di masyarakat, Saki dan teman-temannya mengetahui tentang hilangnya orang lain. Seiring berjalannya waktu, mereka perlahan mencari jawaban atas misteri yang mengelilingi mereka dan mulai menyadari bahwa dunia baru yang tampak “sempurna” ini menyembunyikan masa lalu gelap umat manusia.
