Akademi Swasta Seikyou, yang dibangun di atas intrik mitos okultisme tradisional, menyimpan masa lalu yang kelam—selama 60 tahun, tempat itu dihantui oleh sesosok hantu yang dikenal sebagai Yuuko, seorang wanita muda yang meninggal secara misterius di ruang bawah tanah gedung sekolah lama. Tanpa ingatan tentang hidup atau kematiannya, Yuuko diam-diam menemukan dan memimpin Klub Investigasi Paranormal untuk mencari jawaban.
Sebuah pertemuan kebetulan membuat Yuuko terpikat pada siswa baru yang rajin, Teiichi Niiya, yang bisa melihat hantu unik itu. Mereka dengan cepat menjadi dekat, dan Teiichi memutuskan untuk membantunya. Bersama Kirie Kanoe, kerabat Yuuko, dan siswi tahun kedua yang lugu, Momoe Okonogi, mereka menyelami dalam-dalam Tujuh Misteri sekolah yang penuh sejarah itu.
