Ken Kaneki akhirnya menerima sisi mengerikan dari dirinya, bagian pemakan daging yang selama ini ia takuti dan benci. Setelah berhasil melarikan diri dari penangkapan dan penyiksaan, Kaneki bergabung dengan Aogiri Tree—organisasi ghoul militan yang menculiknya, membuat teman-temannya mempertanyakan motif dan kesetiaan sebenarnya.
Seiring meningkatnya ketegangan antara pemerintah dan para ghoul, Komisi Penanggulangan Ghoul (CCG), agen anti-ghoul khusus pemerintah, telah mengintensifkan upaya mereka untuk sepenuhnya membersihkan Tokyo dari ghoul. Hal ini mengancam kedamaian sementara bagi teman-teman dan mantan rekan Kaneki—para ghoul di kedai kopi Anteiku.
Sadar akan situasi berbahaya ini, Kaneki menghadapi beberapa pertempuran yang mempertaruhkan kemanusiaannya yang berharga dan singkat.
