Dua tahun telah berlalu sejak penyerbuan CCG ke Anteiku. Meskipun suasana di Tokyo telah berubah drastis karena meningkatnya pengaruh CCG, para ghoul tetap menjadi masalah. Mereka kini lebih berhati-hati, terutama organisasi teroris Aogiri Tree, yang menyadari ancaman CCG yang semakin besar terhadap keberadaan mereka.
Pembentukan tim khusus yang dikenal sebagai Pasukan Quinx mungkin akan memberikan dorongan yang dibutuhkan CCG untuk memusnahkan penduduk Tokyo yang tidak diinginkan ini. Anggota Pasukan Quinx adalah manusia yang telah menjalani operasi untuk menggunakan kemampuan khusus ghoul, dan mereka berpartisipasi dalam operasi pemberantasan makhluk-makhluk berbahaya tersebut.
Pemimpin kelompok ini, Haise Sasaki, adalah seorang setengah ghoul, setengah manusia yang telah dilatih oleh penyidik kelas khusus yang terkenal, Kishou Arima. Namun, ada lebih banyak hal tentang pemuda ini daripada yang terlihat. Ingatan-ingatan yang tidak diketahui terus mencakar benaknya, perlahan mengingatkannya pada siapa dirinya di masa lalu.
