Sihir Onmyoudou dulunya merupakan teknik ampuh yang digunakan oleh Jepang selama Perang Dunia Kedua untuk mendapatkan keunggulan dan menjadikan negara mereka kekuatan yang tangguh. Namun, Jepang dengan cepat dikalahkan setelah onmyouji terhormat, Yakou Tsuchimikado, menyebabkan “Bencana Spiritual Hebat,” sebuah peristiwa yang masih menghantui Tokyo hingga saat ini. Akibat insiden ini, Badan Onmyou didirikan untuk mengusir bencana spiritual lebih lanjut dan melawan iblis yang masuk ke dunia.
Sekarang, Onmyoudou telah menjadi jauh lebih modern, disederhanakan, dan disempurnakan untuk digunakan dalam berbagai aplikasi seperti kedokteran dan teknologi. Namun, tidak semua orang mampu memanfaatkan sihir tersebut, seperti halnya Harutora, anggota keluarga cabang Tsuchimikado. Meskipun ada janji lama untuk melindungi Natsume, pewaris keluarga utama Tsuchimikado dan reinkarnasi Yakou yang diyakini, sebagai familiernya, Harutora tidak memiliki bakat dan memilih untuk menjalani kehidupan normal saja. Namun, ketika seorang anggota terkemuka Badan Onmyou mencoba menciptakan kembali eksperimen yang sama yang menyebabkan kejatuhan Jepang, ia memutuskan untuk menepati janjinya dan bertarung di sisi Natsume.
