Daikichi Kawachi, seorang bujangan berusia 30 tahun dengan pekerjaan yang terhormat, menjalani hidupnya tanpa arah. Ketika kakeknya tiba-tiba meninggal, ia kembali ke rumah keluarga untuk menyampaikan belasungkawa. Sesampainya di rumah, ia bertemu seorang gadis kecil misterius bernama Rin yang, yang mengejutkan Daikichi, ternyata adalah putri tidak sah kakeknya!
Gadis yang pemalu dan sulit didekati itu dianggap sebagai aib keluarga dan dikucilkan oleh kerabat ayahnya. Semua kerabatnya menolak merawatnya setelah kematian sang kakek. Daikichi, yang marah dengan sikap dingin mereka terhadap Rin, mengumumkan bahwa ia akan merawat gadis itu—meskipun ia adalah seorang pria muda lajang tanpa pengalaman mengasuh anak.
Usagi Drop adalah kisah perjalanan Daikichi dalam menjadi seorang ayah saat ia membesarkan Rin dengan sifatnya yang lembut dan penuh kasih sayang. Ini juga merupakan eksplorasi kehangatan dan saling ketergantungan yang menjadi inti dari keluarga bahagia dan erat.
