Di permukaan, SMA Koudo Ikusei adalah sebuah utopia. Para siswa menikmati kebebasan yang tak tertandingi, dan sekolah ini menduduki peringkat tinggi di Jepang. Namun, kenyataannya jauh dari ideal. Empat kelas, A hingga D, diberi peringkat berdasarkan prestasi, dan hanya kelas-kelas teratas yang menerima perlakuan istimewa.
Kiyotaka Ayanokouji adalah siswa Kelas D, tempat sekolah menampung siswa-siswa terburuk. Di sana, ia bertemu dengan Suzune Horikita yang tidak ramah, yang percaya bahwa ia ditempatkan di Kelas D karena kesalahan dan berkeinginan untuk naik ke Kelas A. Ia juga bertemu idola kelas yang tampak ramah, Kikyou Kushida, yang tujuannya adalah memiliki teman sebanyak mungkin.
Meskipun keanggotaan kelas bersifat permanen, peringkat kelas tidak. Siswa di kelas berperingkat lebih rendah dapat naik peringkat jika mereka mencetak nilai lebih baik daripada mereka yang di kelas atas. Selain itu, di Kelas D, tidak ada batasan metode apa pun yang dapat digunakan untuk maju. Di sekolah yang kejam ini, bisakah mereka mengatasi rintangan dan mencapai puncak?
