Kehidupan setelah Ujian Khusus Pulau di kapal pesiar sama sekali tidak mulus. Hampir segera setelah kembali, siswa tahun pertama SMA Metropolitan Advanced Nurturing Tokyo menghadapi ujian khusus lainnya, dengan poin kelas dan individu sebagai taruhannya.
Selain aturan yang rumit, lebih banyak masalah muncul dalam bentuk Kakeru Ryuuen dan Kei Karuizawa. Marah dengan hasil tes sebelumnya, Ryuuen bertekad untuk mengungguli setiap kelas dalam tantangan baru ini dengan cara apa pun. Sementara itu, Karuizawa, pilar penting Kelas D, hampir hancur di bawah tekanan masa lalunya.
Panggung kini telah diatur bagi Kiyotaka Ayanokouji untuk sekali lagi—menggunakan seluruh perencanaan, pandangan jauh ke depan, dan manipulasi kejamnya—mengarahkan Kelas D menuju kemenangan, saat pasukan musuh yang berbahaya berusaha menjatuhkannya.
